據《清史稿·食貨志》載：“明時，茶法有三：曰，官茶儲邊易馬；曰，商茶給引征課；日，貢茶則上用也。清因之，于陜、甘易番馬”。順治元年（1644），在西北地區設立五個茶馬司，同時，沿襲明制，設巡視茶馬御史一人，統一管理五個茶馬司。后令甘肅巡撫兼管，最后劃歸陜西總督管理。另設苑馬寺卿一人，管理廣寧第七監，專司馬匹放牧與繁殖事宜。
順治三年，詔“幾外藩各蒙古來易馬者，俱令駐于邊口，照常貿易，毋得阻抑”。順治八年，西藏五世達賴喇嘛要求在北勝州（今云南永勝縣）開辟市場，換取普洱茶?？滴跛哪辏?655）正式開市。普洱茶以普洱府為集散地，由馬邦運至下關，經四川運往西藏。康熙三十五年（1696），又開四川打箭爐（今甘孜藏族自治州康定縣）市場。
清政府對邊疆貿易持慎重態度，執行較為寬松的政策，如康熙三十六年，政府曾令西藏第巴桑結嘉錯護送班禪額爾德尼進京，他托故要求緩期。當時有人認為這是對朝廷的不恭，建議“禁止第巴遣人貿易”，予以經濟制裁。康熙非常明智，他說：“彼所屬之人，皆賴貿易為主。朕為天下主，何必以班禪之故，泥于小見，禁其貿易，絕其生計乎！”。又如乾隆三十五年（1770），經戶部議準，“新疆五屯兵民雜居，生齒日繁，現據茶商等請由懋功廳（屬四川）增給腹引一千張，于灌縣采配茶斤，運往各地銷售”。確保了邊疆地區茶葉供應。這些政策，對緩和民族矛盾，增加民族團結有積極意義。
茶馬比價政策：據《清朝文獻通考·榷茶》：“我朝定鼎，各番慕義馳貢，金牌可以下用。但以茶易馬，務須酌量價值，兩得其平”。順治元年，規定“與西蕃易馬，每茶一笆重十斤。上馬給茶蓖十二，中馬給九，下馬給七”。這個比價，比明朝前期上馬120斤、中馬70斤、下馬50斤要高，比金牌制時期則高得多。但是否“兩得其平”尚有待研究。
清朝為確保茶馬互市貿易的順利進行，對茶實行禁榷，除官茶儲邊易馬外，商茶則實行茶引制。茶商必須向政府買引，每引百斤，征銀三厘三毫。茶農不得把茶賣給無引的人。無引則作私茶論處。清末改推行厘金制，實質是征稅制，專賣制已不復存在。同時嚴禁私茶出關，“查前明詔諭，通接西蕃關隘處所，拔官軍巡守，不許私茶出境。”
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