普洱茶的地理價值源于云南特定的地理系統。
這個特定的地理系統包括自然地理、氣候及生態多樣性相融合而產生的自然生態及造就的物種多樣性。云南的低緯度、高海拔的地理特性，加之熱帶雨林季風氣候使其形成了大的自然生態循環系統，造就了云南特定的生態系統多樣性與物種多樣性的特征。
云南的生態系統多樣性包括陸生生態系統和水生生態系統。
它的陸生生態系統幾乎包括了地球上所有的生態系統類型。其中森林生態系統以喬木為標志，主要有169類，占中國的80%；灌叢生態系統主要有寒溫性灌叢、暖性石灰巖灌叢、干熱河谷灌叢和熱性河灘灌叢等4種類型；云南草甸類型更是分布廣泛，主要分為高寒草甸、沼澤化草甸和寒溫草甸3個生態系統類型。
它的水生生態系統有河流生態系統、湖泊生態系統。云南的六大水系，即金沙江、瀾滄江、怒江、依洛瓦底江、元江和南盤江構筑了云南淡水生態系統的基本框架。而以滇池、洱海、撫仙湖、異龍湖和瀘沽湖為代表的云南高原湖泊，反映了中國淡水生態系統的一些特殊性。云南水生植被按其生活型分為挺水植物、浮葉植物、沉水植物和飄浮植物等4種類型。水生動物方面，浮游動物、底棲動物和魚類資源都很豐富。
云南的物種多樣性更是為世界罕見。云南除素有“動物王國”、“植物王國”美譽外，還被譽為“竹林故鄉”、“藥林的寶庫”、“香料博物園”、“天然大花園”、“菌類大世界”等。云南有竹類資源28屬220種，屬、種數分別占全國總數的75％和55％，占世界總數的40％和25％；藥材、花卉、香料、菌類的種類均居全國之首。
云南從北到南，從高海拔到低海拔分布著從高山針葉林到熱帶雨林的105個主要的森林類型。森林類型之多也為全國罕見。因此，云南堪稱世界生物的標本庫，
普洱茶就是誕生在這樣一個大的自然生態系統里，當云南的古人把這個系統中的某一類或幾類物質融合到普洱茶之中，這時，普洱茶的物質組合，不單單是幾片茶葉的疊加，而是地理特征與自然生態的另一種表達方式。其中，參與普洱茶發酵的微生物菌群，有的竟繁衍達上億年之久。因此，一片普洱茶，不單單是一個商品，更多的是地理價值的再現。
